תהליך הפרדת החלב מהווה את היישום הכי מוכר וידוע בשלב הפסטור במחלבות. שומן החלב מופרד מהחלב הרזה בטמפרטורות שבין 45 ל-55 מעלות צלסיוס. הטמפרטורה הזו מבטיחה יכולת הפרדה טובה וצמיגות נמוכה ביציאה של התהליך.
יכולת ההפרדה מושפעת ע״י טמפרטורת החלב, איכות החלב, טיפול מכני ושאיבת אוויר.
