במקרים רבים חלב חייב לעבור הפרדה כאשר הוא נמצא בשלב הקבלה במחלבה וזאת בכדי לבצע הסרת זיהומים. במידה והתנאים בשלב העיבוד מאפשרים זאת ניתן לבצע הפחתה יעילה של חיידקים ובקטריות.
מפרדת השומן יכולה לעבוד עם חלב קר או חם כאשר בטמפרטורות גבוהות ישנה יעילות גבוהה יותר של הפרדה.
